법무법인 원은 토지 지분 매매계약의 변경에 따라 취득세 일부 환급을 구한 의뢰사를 대리하여, 조세심판원에서 당초 계약의 무효와 변경계약에 따른 취득가액을 인정받고 경정청구 거부처분 취소 결정을 받았습니다.
 

1. 사안의 개요

복수의 계열 법인이 컨소시엄을 구성했습니다. 컨소시엄은 공공주택지구 안의 자족기능시설용지를 공동으로 분양받아 공사비만 수백억 원에 이르는 그룹 컨트롤타워(통합사옥)를 신축했습니다. 건물은 일반건축물로 사용승인을 받았습니다. 이 경우 대외적으로는 구성법인들이 지분비율에 따라 건물 전체를 공유합니다. 반면 내부적으로는 각 법인이 특정 층·면적을 독자적으로 사용·수익하고 처분할 수 있는 구조가 필요했습니다. 또한 구성법인 가운데 일부는 개별 법률상 사업범위 제한으로 부동산임대업을 할 수 없어, 소유·사용 구조를 설계할 때 이 점도 고려해야 했습니다.
 

2. 수행 내용

1) 구분소유적 공유관계 설계 및 법률자문

· 유사 사례 경험을 바탕으로 구분소유적 공유관계를 제시했습니다. 대외적으로는 공유지분을 유지하고, 내부적으로는 각 구성법인이 층별로 배타적 소유권을 갖는 구조입니다.

· 층별 사용내역을 포함한 구분소유적 공유관계 합의서를 마련했습니다.

· 구성법인들의 개별 질의에 대해 다음 사항을 자문했습니다.

· 각 법인에 귀속되는 자가사용분과 임대부분의 수익·비용

· 면적 기준 안분과 감정가 기준 안분의 적정성(집합건물 전환 시 재조정 방안 포함)

· 법인세법상 부당행위계산부인 해당 여부

· 구분소유 면적을 담보로 제공하거나 매각할 수 있는지와 그 요건

· 임대부분에 대한 대도시 본점 중과세 적용 여부
 

2) 단계별 취득세 신고 및 수정신고·경정청구 대행

· 사업의 각 단계마다 취득세 신고를 대행했습니다.

· 토지 분양 취득

· 구성법인 사이의 지분율 조정에 따른 지분 취득(관련 감면 규정 적용)

· 사용승인 후 건축물(공사비)과 토지 중과분
 

이후 지방자치단체와 여러 차례 협의하면서 증액된 공사비를 반영하고 합의서상 층별 사용내역을 정비했습니다. 그런 다음 구성법인별 수정신고와 경정청구를 대행했습니다.

이 과정에서 세법상 '임대비율' 산정이 사업범위 제한(제3자 임대 시 해산 위험 등)으로 문제될 수 있는 부분에 대해서도 대응 논리를 마련했습니다.
 

3) 경정청구 거부처분에 대한 조세심판

· 지분율 조정을 위해 토지 지분을 감정가액으로 양도한 뒤, 공급기관으로부터 다음과 같은 통보를 받았습니다. "분양가액을 넘는 지분 양도는 「공공주택 특별법」상 전매제한에 저촉될 수 있다."

· 이에 거래가액을 분양가액 수준으로 낮추는 변경계약을 체결하도록 하고, 이미 낸 취득세 일부에 대해 경정청구를 대행했습니다.

· 지방자치단체는 "사실상 취득한 이후 계약이 바뀌어도 이미 확정된 납세의무에는 영향이 없다"며 경정청구를 거부했고, 이에 조세심판을 청구했습니다.

· 조세심판원은 다음과 같이 판단해 거부처분을 취소했습니다(인용).

· 분양가액을 넘는 당초 계약은 강행법규 위반으로 무효입니다.

· 무효인 계약에 대해서는 처음부터 취득세 과세대상인 사실상의 취득이 있었다고 볼 수 없습니다.

· 따라서 변경계약상 가액으로 취득한 것으로 보아야 합니다.
 

3. 의의

여러 법인이 공동으로 수백억 원 규모의 사옥을 신축·보유하는 사업에서 다음 업무를 한 번에 수행한 사례입니다.
 

· 내부 소유관계 설계(구분소유적 공유관계)

· 토지 취득부터 사용승인까지 단계별 취득세 신고

· 지방자치단체와의 협의를 거친 수정신고·경정청구

· 조세심판
 

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