법무법인 원은 대기업 계열사 5개 법인이 연구시설 증축에 따른 취득세 등 부과처분의 취소를 구한 행정소송에서 지방자치단체를 대리하여, 증축 부분의 소유권 귀속과 취득세 납세의무에 관한 법률적 쟁점을 다투었습니다. 그 결과 대법원에서 상대방의 상고를 모두 기각하는 판결을 이끌어내며, 지방자치단체의 과세처분이 적법하다는 판단을 최종적으로 확정받았습니다.

 

1. 사건개요
대기업 계열사 5개 법인은 공동으로 소유한 토지 위에 지하 3층, 지상 15층 규모의 연구시설을 건축하고, 각 법인이 건물의 특정 층과 공간을 나누어 사용해 왔습니다. 이후 일부 계열사들이 비용을 부담하여 기존 건물의 일부와 상층부를 증축하였으며, 증축 부분 역시 계열사 간 합의에 따라 특정 법인들이 독점적으로 사용하기로 하였습니다.

이 과정에서 증축 비용을 부담한 계열사들은 해당 부분을 자신들이 독립적으로 취득한 것으로 보아 취득세를 신고·납부하거나 기업부설연구소에 대한 취득세 감면을 적용받았습니다.

그러나 관할 지방자치단체는 해당 건물이 일반건축물대장에 5개 법인의 공유 건물로 등록되어 있고, 증축 부분 역시 기존 건물에 부합되어 공유자 전원이 기존 지분에 따라 취득한 것으로 판단했습니다. 이에 따라 증축 부분의 취득가액을 기존 공유지분에 따라 안분하여 각 계열사에 취득세 등을 부과했습니다.

계열사들은 증축 부분의 실질적인 소유자는 비용을 부담하고 해당 공간을 독점적으로 사용하는 일부 법인에 한정된다고 주장하며 취득세 등 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

1심과 항소심에서 계열사들의 청구가 받아들여지지 않자 대법원에 상고하였고, 법무법인 원은 지방자치단체를 대리하여 최종심에 대응했습니다.


2. 핵심 쟁점
첫째, 기존 건물과 증축 부분에 대한 구분소유권의 성립 여부였습니다.

계열사들이 건물의 특정 부분을 각각 독점적으로 사용하고, 증축 비용을 일부 법인만 부담했다는 사정만으로 독립적인 구분소유권이 성립하는지가 핵심 쟁점이었습니다. 특히 공유자 간 내부적인 사용·수익 합의가 법률상 구분소유권을 성립시키는 구분행위에 해당하는지가 문제 되었습니다.

둘째, 증축 부분의 소유권 귀속과 취득세 납세의무자 판단이었습니다.

기존 건물에 증축된 부분이 별개의 소유권 객체로 인정되는지, 아니면 기존 건물에 부합되어 공유자 전원에게 귀속되는지가 쟁점이었습니다. 이에 따라 증축 비용을 부담한 일부 계열사만 취득세 납세의무를 부담하는지, 기존 공유지분에 따라 전체 계열사가 납세의무를 부담하는지가 문제되었습니다.

셋째, 실질과세원칙 및 신뢰보호원칙의 적용 여부였습니다.

계열사들은 증축 부분을 실제로 사용·관리하는 법인에 대해서만 취득세를 부과해야 한다고 주장했습니다. 또한 지방자치단체가 과거 건물의 사용 및 소유관계를 인정한 바 있으므로, 이후 공유관계를 전제로 과세한 처분은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 주장했습니다.


3. 주요 대응 전략
법무법인 원은 계열사들이 주장하는 독립적인 구분소유권의 성립 여부를 중심으로 관련 법리와 사실관계를 면밀히 검토했습니다.

우선 건물의 특정 부분을 독점적으로 점유·사용한다는 내부 합의만으로는 구분소유권이 성립하지 않으며, 독립된 소유권의 객체로 삼으려는 구분의사가 객관적으로 외부에 표시되어야 한다는 점을 강조했습니다. 특히 건축허가 및 사용승인 관련 자료, 일반건축물대장의 등록 내용 등을 근거로 해당 건물이 일관되게 계열사들의 공유 건물로 관리되어 왔다는 사실을 제시했습니다.

또한 증축 부분이 구조상·이용상 독립성을 갖추었다고 하더라도 그 자체로 별개의 소유권이 성립하는 것은 아니라는 점을 주장했습니다. 증축 비용의 부담 주체나 실제 사용자가 누구인지만으로 소유권 귀속이 결정될 수 없으며, 구분소유권이 성립하지 않는 이상 증축 부분은 기존 건물에 부합되어 공유자들에게 귀속된다는 법리를 제시했습니다.

나아가 계열사들이 주장한 구분소유적 공유관계가 인정되더라도, 대외적인 소유권 관계에서는 여전히 공유지분을 취득하는 것이므로 취득세 과세표준이나 납세의무가 달라지지 않는다는 점을 강조했습니다.

신뢰보호원칙과 관련해서도 지방자치단체가 구분소유권의 성립에 관한 공적인 견해를 표명한 사실이 없으며, 과거의 행정처리만으로 법률상 소유권 관계가 변경되거나 과세처분의 적법성이 부정될 수 없다는 점을 논증했습니다.

그 결과 대법원은 계열사들 사이의 합의가 건물의 점유·사용 방법에 관한 내부적인 합의에 불과하고, 구분소유권을 성립시키는 객관적인 구분행위로 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한 증축 부분은 기존 건물에 부합되어 공유자들이 기존 지분에 따라 취득한 것으로 보아야 하므로, 이를 전제로 한 취득세 등 부과처분은 적법하다고 인정했습니다.

대법원은  계열사들의 상고를 모두 기각하고 상고비용도 계열사들이 부담하도록 판결함으로써, 지방자치단체의 최종 승소를 확정했습니다.


4. 사건 의의

이 사건은 여러 법인이 공동으로 소유한 건물을 각자 구분하여 사용하고 일부 법인만 증축 비용을 부담한 경우에도, 그러한 사정만으로 증축 부분에 대한 독립적인 구분소유권이 성립하는 것은 아니라는 점을 확인한 사례입니다.

특히 건물의 소유권 귀속과 취득세 납세의무를 판단할 때 내부적인 사용·수익 합의나 비용 부담 관계뿐 아니라, 객관적인 구분행위의 존재 여부와 건축물대장 등 공부상 소유관계를 종합적으로 검토해야 한다는 점에서 의미가 있습니다.

또한 구분소유적 공유관계가 인정되는 경우에도 대외적인 소유권 관계와 취득세 과세기준은 별도로 판단해야 한다는 점을 명확히 하였으며, 지방자치단체의 정당한 과세권 행사와 관련된 중요한 법률적 판단 기준을 제시했습니다.

법무법인 원은 복잡한 기업집단의 부동산 소유관계와 증축에 따른 취득세 과세문제를 체계적으로 분석하고, 관련 판례와 법리를 토대로 상대방의 주장을 효과적으로 반박했습니다. 이를 통해 대법원에서 지방자치단체의 과세처분에 대한 적법성을 최종적으로 인정받아 정당한 과세권을 보호하고, 유사한 공유부동산 증축 및 지방세 분쟁에서 참고할 수 있는 의미 있는 성과를 거두었습니다.


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