법무법인(유한) 원은 지방자치단체의 합동 지방세 세무조사 대상이 된 부동산 개발법인을 대리하여, 대도시 법인 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다는 조사 결과를 이끌어내고, 과세전적부심사를 통해 약 12억 원의 법인지방소득세 과세예고액을 전액 취소시키는 성과를 거두었습니다.


1. 사건개요

의뢰인은 주택건설 및 부동산임대업을 영위하는 법인으로, 지방에 본점을 두고 다른 지역의 부동산을 취득하여 공동주택과 상업시설 등을 신축하는 개발사업을 수행하고 있었습니다.

의뢰인은 사업 과정에서 취득한 토지와 신축 부동산에 대한 취득세를 일반세율로 신고·납부하였으며, 일부 부동산에 대해서는 법령에 따른 취득세 감면을 적용받았습니다.

이후 의뢰인은 지방자치단체의 합동 정기 세무조사 대상으로 선정되었고, 부동산 취득에 대한 대도시 법인 취득세 중과세 적용 여부와 법인지방소득세의 지방자치단체별 안분 신고 적정성에 대한 조사를 받게 되었습니다.

특히 의뢰인의 대표이사가 다른 관계회사의 임원을 겸직하면서 해당 회사의 사무실을 이용하고 있다는 사정이 문제 되었습니다. 과세관청은 관계회사 사무실이 의뢰인의 실질적인 본점 또는 지점에 해당하는지, 해당 사무실의 일부 면적을 의뢰인의 사업장으로 보아 법인지방소득세를 안분해야 하는지 등을 검토하였습니다.

세무조사 과정에서 취득세 중과세 문제는 해소되었으나, 과세관청은 관계회사 사무실의 일부 면적을 반영하여 법인지방소득세 약 12억 원을 추가 납부해야 한다는 과세예고를 하였습니다.

이에 의뢰인은 법무법인(유한) 원에 세무조사 대응과 과세전적부심사 절차를 의뢰하였습니다.


2. 핵심 쟁점

첫 번째 쟁점은 다른 지역에 소재한 관계회사 사무실을 의뢰인의 실질적인 본점 또는 지점으로 볼 수 있는지 여부였습니다. 대도시 법인의 부동산 취득에 대한 취득세 중과세 적용 여부는 법인등기부상 본점의 소재지만이 아니라 실제로 본점 또는 지점 기능을 수행하는 사업장이 어디에 존재하는지를 고려하여 판단해야 합니다.

이 사건에서는 의뢰인의 대표이사가 관계회사 임원을 겸직하고 해당 사무실을 이용한다는 사정만으로, 그 장소를 의뢰인의 사실상 본점이나 지점으로 인정할 수 있는지가 문제 되었습니다.

두 번째 쟁점은 법인지방소득세의 지방자치단체별 안분 기준에 관계회사 사무실의 면적을 포함할 수 있는지 여부였습니다. 법인지방소득세는 지방자치단체별 사업장의 종업원 수와 건축물 연면적 등을 기준으로 안분하여 신고·납부하므로, 따라서 관계회사 사무실이 의뢰인의 사업장에 해당하는지, 대표이사의 겸직만으로 해당 사무실의 인적·물적 시설을 의뢰인의 사업장 시설로 볼 수 있는지가 중요한 판단 대상이 되었습니다.

특히 과세관청이 관계회사 사무실의 일부 면적을 의뢰인의 사업장 면적에 포함하여 약 12억 원의 법인지방소득세를 추가 과세하려는 것이 적법한지가 핵심 쟁점이었습니다.


3. 주요 대응 전략

법무법인(유한) 원은 먼저 의뢰인의 본점 운영 실태와 관계회사 사무실의 이용 경위를 면밀히 분석하여, 두 법인의 사업장이 실질적으로 구분되어 있다는 점을 입증하는 데 주력하였고, 이를 위해 의뢰인의 본점 소재지에 실제 사무실과 직원이 존재하고, 해당 장소에서 회사의 주요 업무가 이루어졌다는 점을 확인하였습니다.

또한 이사회 개최 장소, 임직원의 출장기록 및 사업장 운영자료 등을 제출하여 의뢰인의 실질적인 본점이 지방에 계속 유지되고 있었으며, 관계회사 사무실은 의뢰인의 독립적인 본점이나 지점에 해당하지 않는다는 점을 소명하였습니다. 특히 대표이사가 관계회사 임원을 겸직한다는 사정과 법인 자체가 별도의 사업장을 설치하여 운영하는 것은 법률적으로 구분되어야 한다는 점을 강조하였습니다.

아울러 조세심판원 결정례를 검토하여 관계회사 사무실에서 일부 업무가 이루어지거나 세금계산서가 발행되었다는 사정만으로 해당 장소를 다른 법인의 사실상 본점으로 단정하기 어렵다는 법리를 제시하였습니다.

이러한 대응을 통해 지방세 세무조사에서는 의뢰인이 대도시 내에 실질적인 본점이나 지점을 설치한 것으로 볼 수 없다는 판단을 이끌어냈으며, 매입한 토지와 신축 부동산에 대한 취득세 중과세 적용을 방어하였습니다.

이후 과세관청이 관계회사 사무실의 일부 면적을 의뢰인의 사업장 면적에 포함하여 약 12억 원의 법인지방소득세를 추가 과세하겠다고 예고하자, 법무법인 원은 의뢰인을 대리하여 과세전적부심사를 청구하였습니다. 과세전적부심사에서는 지방세 관계 법령상 사업장의 의미와 법인지방소득세 안분 기준을 중심으로, 대표이사의 겸직만으로 관계회사 사무실을 의뢰인의 사업장에 포함할 수 없다는 점을 주장하였습니다.

특히 법인의 사업장으로 인정되기 위해서는 해당 장소에 실질적인 인적·물적 시설을 갖추고 계속적으로 사업 또는 사무가 이루어지는지에 대한 검토가 필요하다는 점을 강조하였습니다.

그 결과 지방세심의위원회는 법무법인 원의 주장을 받아들여 약 12억 원에 달하는 법인지방소득세 과세예고액 전부를 취소하는 결정을 내렸습니다.

4. 사건 의의

본 사건은 지방자치단체의 합동 세무조사에서 대도시 법인 취득세 중과세 문제를 해결하는 동시에, 과세전적부심사 절차를 통해 거액의 법인지방소득세 추가 과세까지 방어한 사례입니다. 특히 대표이사가 관계회사 임원을 겸직하거나 관계회사 사무실을 이용하고 있다는 사정만으로 해당 장소를 별도 법인의 실질적인 본점 또는 지점으로 단정할 수 없으며, 법인별 사업장의 실제 운영 실태와 인적·물적 시설의 존재 여부를 구체적으로 검토해야 한다는 점에서 의미가 있습니다.

또한 세무조사 단계에서 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다는 판단을 이끌어낸 데 그치지 않고, 이후 발생한 법인지방소득세 과세예고에 대해서도 적극적인 불복절차를 진행하여 추가 세금 부담을 차단하였습니다.

법무법인(유한) 원은 법인의 사업장 운영 실태에 관한 객관적인 증빙자료와 관련 조세심판원 결정례, 지방세 법리를 종합하여 대응함으로써 취득세 중과세 적용을 방어하고 약 12억 원의 법인지방소득세 과세예고액을 전액 취소시키는 성과를 거두었습니다. 이번 사건은 복수 법인 간 임원 겸직 및 사업장 이용관계가 존재하는 경우, 지방세 세무조사 단계부터 법인별 실질적인 사업장 운영 사실을 입증하고 과세전적부심사까지 연계하여 대응하는 것이 중요하다는 점을 보여주는 사례입니다.

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